Jonavos futbolo klubas įkurtas po II pasaulinio karo. Kai po Antrojo pasaulinio karo Jonavoje buvo pradėtas žaisti futbolas, ten nuolat buvo futbolo komanda.
Jos pavadinimas keitėsi nuo populiarių iki keistokų – „Spartakas“, „Žalgiris“, „Baldininkas“, „Kooperatininkas“, „Statyba“, „Automobilininkas“, „Azotas“, „Achema-Lietava“, kol klubas tapo „Lietava“.
Nuo 1966 m. buvo futbolo ekipa prie azotinių trąšų gamyklos „Azotas“ (dabartinė „Achema“).
Jonavos futbolininkai žaidė aukščiausiojoje Lietuvos lygoje 1978–1989 metais, kai stipriausi Lietuvos klubai dalyvavo SSRS pirmenybėse.
Jonavos „Statybos“ komandą treniravo Algimantas Gabrys. Komanda nuo 1977 iki 1989 m. ne kartą yra žaidusi LTSR aukščiausiojoje lygoje, tačiau aukščiau 6-osios vietos (1984 m.) nepakilo, o 1989 m. iškrito iš aukščiausiojo diviziono. 1980 m. komanda dalyvavo TSRS sąjunginiame futbolo turnyre „Kolos“ (Odesa, Ukraina), laimėjo 3 vietą [1].
Dabartinis klubas įkurtas 1991 m.
1991–1992 m. komanda buvo nukritusi net į II lygą, tačiau iš jos sugebėjo pakilti į I lygą, kurioje žaidė eilę metų. I lygą jonaviečiai laimėjo 1993 ir 1999 m., tačiau turėjo žaisti pereinamąsias rungtynes dėl vietos aukščiausiojoje lygoje ir abu kartus pralaimėjo (atitinkamai, „Taurui-Karšuvai“ ir „Lokomotyvui“).
1993, 1999, 2012 metais „Lietava“ laimėjo 1-osios lygos pirmenybes, bet pirmuosius du kartus neperšoko pereinamųjų rungtynių barjero, o 2012 metais, nedrįso peršokti į aukštesnį lygį. 2014 metais I-oje lygoje tarp 13 komandų liko septintoje vietoje. 2015 metais Jonavos „Lietavos“ futbolo klubas tapo Lietuvos futbolo federacijos pirmosios lygos nugalėtoja, todėl sportiniu principu garantavo sau vietą aukščiausiame divizione. Jonavos komanda pateikė paraišką dalyvauti A lygos licencijavimo procese ir praėjus 27 metams komanda sugrįžo į aukščiausią lygą. (1989) metais „Statyba“ tarp šešiolikos komandų liko paskutiniai ir tai buvo paskutinis sezono tarp pajėgiausių šalies ekipų.2015 metais "Lietava" per 34 rungtynes surinko 80 taškų ir aplenkė Vilniaus „Žalgirį-B“ ir Gargždų „Bangą“, jonaviškiai suprato, kad išmušė jų valanda.
2016 metais Jonavos FK "Lietava" žaidė A lyga pirmenybėse. Debiutas buvo sėkmingas, nes lygiosiomis 1-1 sužaidė su favorite laikyta Marijampolės FK "Sūduva". Pergalė antrame ture 1:0 prieš Utenos „Utenį“ Jonavos komandai tapo pirma aukščiausiame šalies futbolo divizione per visą Nepriklausomybės laikotarpį. Pats sezonas susiklostė sėkmingai, nes aštuonių komandų turnyre po keturių ratų buvo penktoje pozicijoje, kuri garantavo išlikimą A lygoje.
2017 metais klubas išreiškė norą pasikeisti pavadinimą ir naudoti FK "Jonava" žymenį. 2017 m. vasario 13 d. LFF Vykdomojo komiteto (VK) posėdyje buvo patenkintas „Lietavos“ prašymas pakeisti pavadinimą į „Jonavą“.
2018 m. sausio 11 d. į Jonavą atvyko treneris iš Portugalijos Felipe Ribeiro.[7] Prieš sezoną klubo vadovybė skelbė ambicingus tikslus, užsiminta, kad kovos dėl medalių, buvo sukviesti žinomi žaidėjai. Tačiau 2018-ųjų A lygos sezonas buvo nesėkmingas. Galiausiai, 2018 m. gegužės 15 d. pasiekė žinia, kad komandą palieka vyr. treneris. Tuo metu FK Jonava turnyro lentelėje buvo paskutinėje vietoje.[8][9] Po vasaros perėjimų lango žaidimo kreivė dar krito, galutinėje komandų rikiuotėje jonaviškiai liko paskutinėje aštuntoje vietoje. Po sezono paskelbta, kad padavė paraišką licencijuotis A lygos pirmenybėms, tačiau klubo atstovai nepateikė reikalingų dokumentų ir klubas negavo A lygos licencijos.[10] Maža to, dėl tos pačios priežasties klubui nebuvo suteikta ir Pirmos lygos licencija.[11]
2019 m. nesugebėjo licencijuotis Pirmos lygos pirmenybėms, bet dalyvavo išimties tvarka.[12] Sezono pradžia buvo sėkminga ir kurį laiką ekipa buvo tarp lyderių, tačiau antroje sezono pusėje sunkiai rinko taškus ir nukrito į devintą vietą.[13]
2020 m. licencijavosi iškart. Sezono metu ekipa lyderiavo, buvo ir pirmoje vietoje, bet sezono pabaigoje patyrė kelis pralaimėjimus ir liko galutinėje trečioje vietoje. Šiame sezone pirmos keturios Pirmos lygos komandos sportiniu principu iškovojo teisę dalyvauti A lygoje.
2021 m. klubui nebuvo suteikta licencija į A lygą, apeliacija taip pat nebuvo patenkinta. FK Jonava iškart padavė prašymą dalyvauti išimties tvarka. LFF pakvietė šeštąją vietą užėmusią DFK Dainava taip pat pateikti prašymą. Balsavimo būdu buvo nutarta kad vieta A lygoje atiteks DFK Dainavai.[14]
Kaltinimai dėl galimai sutartų rungtynių buvo pateikti 2020 m. rugsėjo 15 d. po rungtynių su FK Atmosfera.[15] Po sezono pabaigos buvo iškelta ir daugiau kaltinimų, kurie buvo perduoti teisėsaugai. Kai kurie kaltinimai buvo atmesti, tačiau dėl trijų galimai sutartų rungtynių buvo pritaikytos nuobaudos klubui bei trims žaidėjams.[16] FK Jonava apeliavo, tačiau licencijavimosi į A lygą metu kaltinimai galiojo. LFF taip pat pranešė kad įspėjo FK Jonava vadovus apie naujojo klubo trenerio Dragano Džurdževičiaus praeitį Tailande, kur jo vadovaujamas klubas buvo kaltinamas sutartų rungtynių organizavimu.[17] Sutartų rungtynių problema buvo viena pagrindinių priežasčių kurias LFF įvardino dėl ko A lygos licencija klubui nebuvo suteikta.
2021 m. gegužės 14 d. VIII (8) turo rungtynėse Jonavos FK nugalėjo Mažeikių „Atmosferą“ rezultatu 7:0.[18] Marius Ganusauskas pasižymėjo net keturiais įvarčiais. Rugpjūčio pabaigoje jonaviškiai Pirmoje lygoje buvo praradę vos septynis taškus per dvidešimt rungtynių ir dominavo lygoje.[19] Pirmoji vieta suteiktų galimybę dalyvauti 2022 m. A lygoje. Iki paskutiniojo turo rungtynių nebuvo aišku, kuri ekipa taps Pirmos lygos nugalėtojais. Laimėjusi arba lygiosiomis sužaidusi Jonavos komanda būtų užsitirinusi nugalėtojų vardus. Namuose žaidusi Jonavos ekipa pralaimėjo FA Šiauliai rezultatu 0:1.[20][21] Abi komandoje buvo surinkusios po 66 taškus ir buvo žaidžiamos „auksinės“ rungtynės. Jose sprendėsi, kuri ekipa taps Pirmos lygos nugalėtojais. „Auksinės“ rungtynės baigėsi be įvarčių; pratęsimo metu nugalėtojai nepaaiškėjo. Baudinių serijos sėkmė lydėjo šiauliečius, kurie nugalėjo 4-3 ir tapo Pirmos lygos nugalėtojais.[22]
2022 m. klubui buvo suteikta A lygos licencija. Buvo pakeistas logotipas, jame toliau vaizduojama gulbė – Jonavos miesto simbolis. Logotipe atsirado 4 geltonos žvaigždės, simbolizuojančios keturis I lygos nugalėtojo titulus (1979, 1992, 1993 ir 1999 m.), bei įrašas „1923“, simbolizuojantis futbolo pradžią Jonavoje, kuomet buvo įkurta futbolo komanda „Makabi“.[23] 2022 m. liepos mėnesį iš FK Jonava pasitraukė Benas Spietinis, Paulius Osauskas ir Gytis Vasylius, motyvuodami tuo kad komandos žaidėjai ėmė gauti įspėjančius laiškus apie galimą diskvalifikaciją dėl galimų lažybų. Nenorėdami rizikuoti būti diskvalifikuotais, žaidėjai išėjo savo noru, ir pradėjo ruoštis futsal sezonui FK Vikingų klube. FK Jonava liepos mėnesio pabaigoje buvo surinkusi 1 tašką po 20 rungtynių.[24] 2022 m. rugsėjo 7 d., vyko rungtynės tarp FK Jonava ir FK Banga Gargždai. Po pirmojo kėlinio, Jonavai pralaimint rezultatu 0:4, Jonavos rūbinėje tarp žaidėjų įvyko muštynės, teko įsikišti apsaugos darbuotojams.[25] 2022 m. spalio 9 d. prieš rungtynes tarp FK Jonava ir FK Žalgiris buvo pranešta kad statomos neproporcingai didelės sumos už įvarčių gausą. Rugntynių pradžia buvo suvėlinta 20 min., buvo pradėtas tyrimas dėl manipuliavimo rungtynių rezultatais. Rungtynes FK Jonava pralaimėjo rezultatu 0:4, tame tarpe buvo įmuštas įvartis į savo vartus. Taip pat buvo atskleista kad keturiems FK Jonavos žaidėjams dar liepos mėnesį buvo pateikti kaltinimai, tačiau jiems apeliavus, žaidėjai toliau galėjo žaisti rungtynes.[26][27][28] Spalio pabaigoje FK Jonava atsisveikino su 8 legionieriais.
2022 m. lapkričio mėn. Jonavos rajono savivaldybės taryba priėmė sprendimą investuoti papildomų lėšų į Jonavos futbolą ir perimti VšĮ „Jonavos futbolas“ valdymą. 2022 m. gruodžio 22 d. pranešta, kad FK Jonava bendradarbiaus su Be1 NFA ir kartu formuos komandą 2023 m. Pirmai lygai.[29] Pagal šį planą, abi komandos negalėtų rungtyniauti toje pačioje lygoje, tokiu būdu buvo planuojama kad FK Jonava žais II lygoje. Tačiau FK Jonavai gavus I lygos licenciją, bendradarbiavimas buvo nutrauktas.
2023 m. FK Jonava dalyvauja Optibet I lygoje.
Pavadinimų kaita:
1946 m. – Spartakas
1952 m. – Žalgiris
1958 m. – Baldininkas
1965 m. – Kooperatininkas
1966 m. – Azotas
1968 m. – Statyba
1970 m. – Kooperatininkas
1972 m. – Automobilinkas
1978 m. – Statyba
1990 m. – Azotas
1994 m. – Achema-Lietava
1996 m. – Lietava
2017 m. – FK Jonava
Buvę treneriai:
Komandos simbolika ir spalvos:
Mėlyname skyde pavaizduota balta gulbė, kuri yra miesto herbe. 2017 m. pasikeitus klubo pavadinimui, buvo pakeistas ir klubo logotipas.
Komanda žaidžia mėlynomis sportinėmis formomis: šviesiai mėlyna/balta marškinėliai, juodos kelnaitės ir kojinės. Svečiuose kartais žaidžia tamsiai mėlynomis aprangomis.
